La zona in cui il Timavo, il fiume sotterraneo, riappariva in superficie era per gli antichi luogo di culto e di preghiera. Strabone e Virgilio ricordano l'arrivo alle sorgenti del Timavo di Antenore, il futuro fondatore di Padova, che qui costruì un tempio dedicato a Diomede. Fece voto proprio al dio Timavo, invece, il console Tuditano, fermatosi alle foci del fiume sotterraneo prima di una spedizione militare contro i Giapidi, nel 129 a.C. Tornato vincitore dedicò all'impresa una lapide e una statua. Sempre alle sorgenti i fedeli si dedicavano al culto di Saturno e della Speranza Augusta.
Nell'area sorse anche una piccola basilica, costruita verso la metà del V secolo. La basilica, accolse le reliquie dei santi Giovanni Evangelista e Giovanni Apostolo, a cui poi si aggiunsero quelle di San Stefano, San Biagio, San Giorgio e San Lorenzo.

Oggi di quella splendida basilica paleocristiana ci rimangono i pavimenti a mosaico, giochi policromi sulla base di originali motivi geometrici. La basilica, e il monastero che era stato costruito al suo fianco, furono devastate prima dai Longobardi e poi dagli Ungari.
Nel 1112 il patriarca Vodolrico ordinò i lavori di ricostruzione della chiesa. In quell'occasione furono ritrovate le preziose reliquie, poi sistemate in una sorta di arca, che fungeva da altare principale della chiesa. L'edificio fu modificato per volontà dei Walsee, signori di Duino, che aggiunsero un'imponente abside gotica. Altre modifiche giunsero nel XVI e XVII secolo, quando fu innalzato il campanile.

La chiesa di San Giovanni in Tuba fu pesantemente danneggiata durante gli scontri del 1917: gli affreschi andarono tutti perduti. Si è però salvato, quasi miracolosamente, parte dell'antichissimo pavimento musivo della basilica paleocristiana.

La chiesa di San Giovanni in Tuba, con i resti dell'antica basilica, può essere visitata ogni giovedì, dalle 11 alle 13. Per visite fuori orario si possono contattare gli uffici della Soprintendenza del Friuli Venezia Giulia allo 040 43631.