L'abitato di S. Pelagio è sicuramente il più pittoresco del Carso triestino. Le sue origini sono molto antiche, come testimonia una lapide romana rinvenuta nel XVIII secolo, e viene spesso citata in altre documentazioni storiche. La chiesa, dedicata a S. Pelagio e costruita nel XV secolo, è situata in una posizione molto panoramica: l'area antistante l'ingresso, sistemata a prato è orientata verso il golfo e da qui si gode la vista del castello di Duino, mentre nelle giornate particolarmente limpide l'orizzonte si estende fino alla laguna di Grado.
Di fianco si trova una vera da pozzo con i tipici tigli; fino agli inizi del XX secolo, l'ambito della chiesa era circondato dal tipico muro-recinto come da tradizione locale, di cui ora ne rimane solo il lato dove è posizionato il campanile.

Attorno la chiesa è distribuito l'abitato con edifici che hanno mantenuto l'aspetto tipico delle case carsiche; tra gli edifici più importanti per la tipicità architettonica, si citano: l'ex Casa Canonica, edificio a pianta rettangolare su due piani con un architrave in arenaria datato 1556; la casa Rosmina con il ballatoio esterno; le case Peric e Skerk con le zone rustiche separate da quelle abitative.

L'abitato è immerso nella natura, caratterizzata da ampi pascoli e vigneti; a breve distanza, attraverso la strada carrabile o usando i vecchi sentieri, si giunge alla piccola frazione di Prepotto: in questo borgo troviamo ancora una forte presenza della tipicità dell'architettura rurale, tra cui spicca una casa realizzata interamente in pietra e un edificio che ha conservato, nelle operazioni di restauro, le tipiche grondaie in pietra inclinate verso il pozzo per la raccolta dell'acqua piovana.