Malchina è un abitato che si sviluppa attorno ad un nucleo storico databile verso l'anno 1000. Nelle vicinanze ci sono doline di modeste dimensioni, alcune grotte e la sorgente Studenec. Il terreno circostante è coltivato a vitigno, alternato alla presenza di prati e pascoli. L'insediamento di Malchina viene annotato per la prima volta in uno scritto del 1113 con il nome di Malchinasella: tra il 1077 e il 1084 il patriarca di Aquileia aveva donato al convento Belligni e al suo abate la chiesa di S. Giovanni al Timavo e l'abitato di Malchina. I libri fondiari del XV e XVI secolo riportano alcune curiosità sul tipo di vita che si conduceva allora: i conti di Duino obbligavano i contadini a realizzare particolari reti per la caccia agli uccelli, a procurare la selvaggina e donare 1/10 del raccolto d'uva all'anno. La parrocchia di Malchina, che includeva Ceroglie e Medeazza, doveva anche provvedere al sostentamento del parroco di S. Giovanni al Timavo. Ogni anno, il giorno di S. Margherita, i contadini dovevano organizzare una fiera che si teneva a S. Giovanni al Timavo. Ogni contadino era tassato annualmente con la consegna di 4 galline, 4 galli, 3 carretti di legna, 2 carri di fieno; inoltre dovevano prestare la loro opera a castello come guardiani e nei lavori di restauro. Un'altra attività, comparsa all'inizio del '900, era la coltivazione del baco da seta (già esistente nel periodo romano). Nel 1854 venne aperta la scuola che, inizialmente, venne ubicata nell'edificio di fronte il palazzo comunale, sulla piazza. Nel 1856 Malchina divenne comune indipendente con 508 abitanti. In questo periodo vennero suddivisi in parti uguali fra gli abitanti i terreni appartenuti al ducato di Duino, operazione che durò dal 1872 al 1876. Nella metà del XIX secolo venne introdotto anche l'allevamento di ovini.

Da fonti storiche, la chiesa di S. Nicola a Malchina risale al 1305 (inizialmente dedicata a Santa Domenica), anche se si può supporre che esistesse già nell'anno 1000, anno in cui viene datata l'origine dell'insediamento. Venne probabilmente distrutta dai turchi tra il 1476 e il 1483, periodo di maggiori incursioni. Negli scritti del primo arcivescovo di Gorizia, Carlo Michele Attems (1750-1774), che periodicamente visitava questi luoghi, si legge che la chiesa dipendeva dalla parrocchia di S. Giovanni al Timavo. Attorno la seconda metà del XVIII secolo venne restaurata e furono sostituiti il pavimento in pietra e il soffitto in legno; vennero realizzati tre altari, uno in legno e due in gesso; attorno la chiesa c'era il cimitero (spostato ai margini dell'abitato nel 1885) e davanti l'ingresso un canale e nel 1796 venne eretto il campanile.